សាកលវិទ្យាល័យ អាស៊ី អឺរ៉ុប បានចាប់ផ្តើមដំណើរការកម្មវិធីថ្នាក់ឆ្នាំសិក្សាមូលដ្ឋានដំបូងបង្អស់នៅឆ្នាំសិក្សា ២០០៥-២០០៦។ សាកលវិទ្យាល័យ អាស៊ី អឺរ៉ុប បានបង្កើតដេប៉ាតឺម៉ង់ថ្នាក់ឆ្នាំសិក្សាមូលដ្ឋានជាផ្លូវការនៅថ្ងៃទី ១៣ ខែមករា ឆ្នាំ២០០៦ តាម សេចក្តីប្រកាសលេខ ១៣ អយក.ប្រក របស់ក្រសួងអប់រំ យុវជន និងកីឡា។ នៅឆ្នាំសិក្សា ២០០៥-២០០៦ សាកលវិទ្យាល័យ អាស៊ី អឺរ៉ុប ត្រូវបានទទួលស្គាល់ការបណ្តុះបណ្តាលបណ្ណោះអាសន្នដោយគណៈកម្មាធិការទទួលស្គាល់គុណភាពអប់រំនៃ កម្ពុជា ហើយនៅឆ្នាំសិក្សា ២០០៦-២០០៧ សាកលវិទ្យាល័យ អាស៊ី អឺរ៉ុប ត្រូវបានទទួលស្គាល់ការបណ្តុះបណ្តាលពេញសិទ្ធិ សម្រាប់រយៈពេល ៣ឆ្នាំ ដោយគណៈកម្មាធិការទទួលស្គាល់គុណភាពអប់រំនៃកម្ពុជា។